A més de la ineficiència energètica del pinso hi ha d´altres problemes que afecten al peix de granja i que fan que aquest tipus d’instal•lacions estigui en entredit.

L’ús d´antibiòtics, d´hormones i d´altres medicaments, per a mantenir les elevades densitats de peixos és un altre dels punts foscos dels cultius marins. Aquestes substàncies químiques tenen un alt impacte sobre les aigües veïnes, ja que bona part de l´aport d´aquests medicaments es perd en l´entorn o bé es diposita en el fons proper podent afectar a les poblacions salvatges. Un cas particularment preocupant és l´us de l´astaxantina en les granges de salmó per a mantenir el característic color rosat de la carn dels exemplars salvatges.

No són com semblen les granges de peix

L´acumulació de restes de pinso i de restes metabòliques dels mateixos animals produeix un greu impacte sobre el bentos. En estuaris i d´altres indrets tancats aquest fet comporta l´eutrofització i en conseqüència, la disminució de la biodiversitat i fins i tot problemes d´anòxia. És particularment greu l´impacte de les instal•lacions d´engreix sobre els herbeis de Posidònia.

Un altre problema important és la contaminació genètica que pot suposar l’alliberament accidental d´espècies sobre els seus homòlegs salvatges. Normalment les espècies que s´engreixen en granges no són genèticament iguals a les corresponents lliures. Les espècies que s´escapen de les gàbies i aconsegueixen aparellar-se amb els seus semblants salvatges poden arribar a produir canvis en la composició genètica de l´espècie en aquell indret. Aquest fet és particularment important si a més es té en compte que l´alliberament accidental és un fet relativament freqüent en aquestes instal•lacions.

Un altre efecte relacionat amb els exemplars que s´escapen accidentalment de les gàbies és la transmissió de malalties i de paràsits que no existeixen en les poblacions salvatges o bé la competència pels recursos amb els representats salvatges. Aquest fet s´incrementa encara més si es tracta d´espècies exòtiques.

Les granges de Panga del delta del Mekkong són un problema afegit a la degradació del delta

Les granges de peix també tenen uns impactes considerable sobre el territori i que afecten directament als assentaments humans de la zona litoral i als seus habitants. Un percentatge elevadíssim de la producció de les granges de peix es situa a la Xina i d´altres països del seu entorn. Aquest fet està afectant molt greument als usos del sòl en aquesta àrea. On abans es cultivava arròs, s´han abandonat els conreus per a fer-hi aquest tipus d’instal•lacions. Aquest canvi en els usos del sòl fa que es deixi de produir aliment destinat a la població local i en el seu lloc se´n produeix altre destinat només a l´exportació, agreujant així els problemes de malnutrició. Al delta de Mekkong, l´elevada concentració d’instal•lacions d´engreix està provocant una degradació ambiental i social quasi irreversible i que està condemnant de per vida als habitants d´aquesta extensa regió. En el mateix sentit, en l´àrea tropical, les granges de peix es situen moltes vegades en la zona de manglars, que són precisament els sistemes naturals que protegeixen la franja litoral dels efectes erosius de l´acció de l´onatge. La destrucció d´aquest hàbitats posa en un seriós compromís aquesta zona i afecta greument els assentaments litorals en molts països de l´àrea tropical.

Tots aquests impactes s’agreujaran encara més degut al gran desenvolupament d´aquest tipus d’instal•lacions en els propers anys. Els auguris de les Nacions Unides sobre els cultius marins no s’estan complint i en cap cas el peix de granja ajudarà a reduir la sobrepesca, ni a reduir la pobresa, ni a augmentar la seguretat alimentària, sinó que més aviat al contrari.